6000 anni prima di Sora e Shiro, la guerra sta consumando il mondo, lacerando il cielo, distruggendo le stelle e minacciando la scomparsa della razza umana. In mezzo a quel caos un giovane di nome Riku condurrà la razza umana verso un nuovo futuro. Un giorno, tra le rovine di una città di Elf, incontra Shuvi, una ragazza esiliata "Ex-machina" che li chiedi di insegnarli cosa vuol dire avere un cuore. Che il gioco abbia inizio!